Akureyri hafði tilheyrt Hrafnagilshreppi þegar þéttbýlið fékk kaupstaðarréttindi þann 29. ágúst 1862. Árið eftir eða nánar tiltekið 31. mars 1863 var fyrsta bæjarstjórnin kosin. Í henni voru:
Ari Sæmundsen umboðsmaður, forseti bæjarstjórnar,
Edvald Eilert Möller faktor,
Jón Finsen læknir,
Jón Chr. Stephánsson timburmeistari
og Jóhannes Halldórsson barnakennari.
Í nærri hálfa öld gegndi sýslumaðurinn á Akureyri störfum bæjarstjóra en fyrsti bæjarstjórinn var ráðinn árið 1919. Það var Jón Sveinsson sem gegndi því starfi til 1934 að Steinn Steinsen tók við starfinu og gegndi því til 1958. Magnús Guðjónsson var síðan bæjarstjóri til 1967 en þá tók Bjarni Einarsson við og gegndi starfinu til 1976. Næsti bæjarstjóri var Helgi H. Bergs til 1986.
Bæjarstjóraskipti síðan 1986 tengjast breytingum í meirihluta bæjarstjórnar. Alþýðuflokkur og Sjálfstæðisflokkur mynduðu meirihluta 1986-1990 og réðu Sigfús Jónsson sem bæjarstjóra og á árunum 1990-1994 mynduðu Alþýðubandalag og Sjálfstæðisflokkur meirihluta og réðu Halldór Jónsson sem bæjarstjóra þó svo að Framsóknarflokkurinn hefði fengið 4 bæjarfulltrúa í kosningunum. Framsóknarflokkur og Alþýðuflokkur mynduðu síðan meirihluta 1994-1998 og þá var Jakob Björnsson fyrsti bæjarstjórinn á Akureyri sem jafnframt var pólitískur leiðtogi meirihlutans. Þegar Sjálfstæðisflokkurinn og Akureyrarlistinn mynduðu meirihluta 1998-2002 var oddviti stærri meirihlutaflokksins, Kristján Þór Júlíusson ráðinn bæjarstjóri. Hann var einnig bæjarstjóri kjörtímabilið 2002-2006.
Eftir bæjarstjórnarkosningarnar 2006 mynduðu Samfylkingin og Sjálfstæðisflokkurinn meirihluta í bæjarstjórn. Kristján Þór var áfram bæjarstjóri en í janúar 2007 tók Sigrún Björk Jakobsdóttir við embættinu og gegndi því fram í júní 2009. Eftir það gegndi Hermann Jón Tómasson starfinu til loka kjörtímabilsins.
Í bæjarstjórnarkosningunum 2010 náði L-listinn, listi fólksins hreinum meirihluta í bæjarstjórn en það hafði aldrei áður gerst á Akureyri. L-listinn hafði haft það á stefnuskrá sinni að ráða bæjarstjóra með faglegum hætti eftir auglýsingu en ekki eftir pólitískum lit eins og tíðkast hafði um skeið. Eiríkur Björn Björgvinsson var valinn úr stórum hópi umsækjenda til að gegna starfi bæjarstjóra á kjörtímabilinu 2010-2014. Eftir sveitarstjórnarkosningar 2014 gerðu Framsóknarflokkur, L-listi og Samfylking með sér samkomulag um meirihlutasamstarf og var Eiríkur Björn Björgvinsson aftur ráðinn bæjarstjóri til ársins 2018.
Eftir kosningar 2018 mynduðu Framsóknarflokkur, L-listi og Samfylking meirihluta í bæjarstjórn og ákveðið var að ráða aftur faglegan bæjarstjóra. Starfið var auglýst laust til umsóknar í júní. Átján umsóknir bárust en tvær voru dregnar til baka. Eftir úrvinnslu umsókna og viðtöl ákvað meirihluti bæjarstjórnar að ganga til samninga við Ásthildi Sturludóttur sem síðan var ráðin í starfið. Hún kom til starfa í september. L-listi, Sjálfstæðisflokkur og Miðflokkur mynduðu meirihluta bæjarstjórnar eftir kosningar vorið 2022 og í kjölfarið var samið við Ásthildi um að gegna áfram starfi bæjarstjóra tímabilið 2022-2026.
Fyrsta konan til að taka sæti í bæjarstjórn Akureyrar var Kristín Eggertsdóttir f. 1877 á Kroppi í Eyjafirði. Hún náði kjöri við bæjarstjórnarkosningarnar 1911 og sat til loka kjörtímabilsins 1914. Við bæjarstjórnarkosningarnar 2002 gerðist það í fyrsta skipti að konur voru í meirihluta í bæjarstjórn. Konur höfðu þó verið í meirihluta áður á einstökum bæjarstjórnarfundum.